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DBCLS SRA:
Survey of Read Archives

What's DBCLS SRA? - DBCLS SRAって何?

DBCLS SRA is an index of next-generation sequencing data as yellow pages. Researchers can search and browse records by projects, platforms and species.

DBCLS SRA は、公共データベース ( SRA [NCBI], ENA [EBI], DRA [DDBJ] ) に登録された「次世代シーケンサ」データについての目次サイトです。 プロジェクトやプラットフォームごとに各レコードの情報を見ることができます。

Simple Lists - まずは見てみる


Search studies - まずは検索してみる


SRA#
Study#
TAXON ID

Advanced Search
Platform
Title keyword
Type




Search by statistics - 統計値から探す

The number of projects are indicated in "Study Types" table. The totals in "Platforms" and "Species of Samples" are larger than one of "Study Types" because a project can contain some platforms and sample species.

実際のプロジェクト数は"Study Types"に書かれているものです。 "Platforms"や"Species of Samples"のtotalの値は、 複数のプラットフォームで行われた実験が1つのプロジェクトでなされる 場合が多々あり、ダブルカウントしているので、数字が大きくなっています。


2017-08-07 updated.

Study Types




Platform




Species of samples (top 15)



Search by species (incl. subordinate taxa)


Search by publications - 文献から探す

Publications referring to NGS data



Search by diseases - 疾患から眺める

Links

  • Documentation: Metadata of SRA data (by DDBJ) - (Japanese) / (English)
  • Kusarinoko : the service provides descriptions of SRA entries in conjunction with their journal abstracts
  • DBCLS SRA Metadata Search
  • Reference:
    Nakazato T., Ohta T., Bono H.,
    Experimental Design-Based Functional Mining and Characterization of High-Throughput Sequencing Data in the Sequence Read Archive.
    PLoS ONE 8(10): e77910 (2013). doi:10.1371/journal.pone.0077910 [Full Text]